绿霉和链孢霉是香菇菌袋最常见的竞争性杂菌。绿霉初期呈白色斑点，后转为绿色粉末状，多发生在接种口或菌袋破损处；链孢霉则生长迅猛，呈橙红色絮状，高温高湿条件下爆发极快。防治关键在于严格消毒，使用前用甲醛或石灰水擦拭墙面工具；发现病袋立即移出室外深埋或焚烧，并对周围区域喷洒多菌灵或甲基托布津溶液。日常管理中，保持发菌室干燥通风，避免高温闷热，可有效抑制霉菌孢子萌发。
细菌性斑点病多发生在出菇期，菇体表面出现褐色或黑色小斑点，后期连片腐烂，散发臭味。此病常由浇水不当、通风不良导致的高湿环境引发。防治方法包括：加强棚室通风，降低湿度；避免直接向菇体喷水，可采用地面洒水增湿；发病初期喷施春雷霉素或中生菌素等农用抗生素。对于严重感染的菌筒，应及时清除，防止交叉感染。
吉林地区香菇害虫主要有菇蚊、菇蝇和寄生性线虫。菇蚊幼虫啃食菇盖表皮，影响商品性；线虫则潜入菌肉取食，导致菌丝死亡。物理防治推荐使用黄色粘虫板诱杀成虫，设置防虫网阻断入侵。化学防治可选用低毒高效的拟除虫菊酯类喷雾，但需注意采收前安全间隔期。此外，保持菇房清洁，及时清除残菇和废料，破坏害虫滋生环境，是长效控虫的根本措施。综合运用农业防治、物理防治和生物防治，构建绿色防控体系，确保香菇安全生产。
