辣椒疫病是黑龙江地区危害最严重的病害之一，多在高温高湿季节爆发。典型症状为茎基部或叶柄出现水渍状暗绿色病斑，迅速扩展致茎部缢缩倒伏，叶片枯萎脱落，果实感染后呈水渍状软腐，表面生白色霉层。防治上，应避免连作，实行与非茄科作物3年以上轮作。发病初期可选用72%霜脲·锰锌可湿性粉剂600倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液喷雾，重点喷洒茎基部，每隔7-10天喷一次，连续2-3次。
炭疽病主要危害果实，初期出现水渍状褐色圆形病斑，后凹陷并产生粉红色粘稠孢子堆，潮湿时易腐烂。防治关键在于加强通风降湿，清除病果集中烧毁。药剂可选用25%咪鲜胺乳油1000倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液喷雾。病毒病由蚜虫传播，表现为花叶、蕨叶、矮化等症状。需重点防治蚜虫，悬挂银灰色地膜驱蚜，发现病株立即拔除并带出田外深埋。发病初期喷施20%盐酸吗啉胍可湿性粉剂500倍液，增强植株免疫力。
青枯病属细菌性病害，中午叶片萎蔫下垂，傍晚恢复，数日后整株枯死，但叶片仍保持绿色。剖开茎部可见维管束变褐，挤压有乳白色菌脓流出。该病无特效药剂，重在预防。选用抗病品种，高畦栽培，雨后及时排水，发病初期可用47%春雷·王铜可湿性粉剂600倍液或3%中生菌素可湿性粉剂500倍液灌根，每株灌药液250毫升。细菌性角斑病主要在叶片上形成多角形黄褐色斑点，背面有白色菌脓。防治可用72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液喷雾，注意交替用药以防抗性产生。
