江苏四季分明，春夏季高温多雨，秋冬季温和少雨，因此选择菌种时需考虑其温型特性和抗逆性。中低温型品种如“苏香一号”、“花菇1号”适合江苏秋冬季节栽培，出菇整齐，肉质厚实，商品性好。耐高温品种如“夏香优系”则适用于春提早或秋延后栽培，能在25℃左右正常出菇。此外，针对江苏部分地区湿度大的特点，应优先选择抗木霉能力强、菌丝浓白、萌发速度快的菌株。购买菌种时，务必选择具备正规生产许可证的科研单位或大型菌种厂，确保种源纯正，避免使用退化的复壮菌种。
优质菌种是成功的一半。在外观上，优质香菇菌种的菌丝应呈白色或乳白色，生长均匀浓密，具有明显的蛛网状结构，无黄水、黑斑或霉点。闻起来应有正常的香菇香味，无酸味、霉味或其他异味。用手轻捏菌种瓶，感觉坚实而有弹性，说明菌丝吃料深、活力强。查看生产日期，最好使用培养时间在45-60天之间的适龄菌种，过老或过嫩都会影响后续发菌效果。此外，要注意检查菌种瓶是否有裂纹或松动，防止运输过程中污染杂菌。
江苏香菇多采用代料袋栽技术。配方上，常用棉籽壳78%、麸皮20%、石膏1%、白糖1%，含水量控制在55%-60%。装袋时要松紧适度，扎紧袋口，并在高压或常压下彻底灭菌，常规灭菌需保持100℃以上12-16小时。冷却后在无菌室接种，每瓶菌种可接30-40袋。发菌期控制室温20-25℃，避光培养，定期翻堆检查，及时剔除污染袋。出菇期需温差刺激，昼夜温差保持在10℃左右，湿度维持85%-95%，并保证充足散射光。采收时要在菇体七八成熟、菌膜未破时进行，以保证最佳口感和产量。
