辣椒疫病是福建辣椒生产中的毁灭性病害，俗称“死棵”。发病初期，茎基部或叶柄出现暗绿色水渍状斑，随后迅速扩展导致植株折倒或整体萎蔫。果实受害后，产生圆形或椭圆形凹陷斑，表面生有白色霉层，湿度大时腐烂极快。防治关键在于切断传染源与保护植株。农业上，严禁连作，与非茄科作物轮作3年以上；采用高垄栽培，避免积水。发病初期可选用72.2%霜霉威盐酸盐水剂800倍液，或68%精甲霜灵·锰锌水分散粒剂600倍液喷雾，重点喷施茎基部，每隔7-10天一次，连续2-3次。
炭疽病主要危害果实，也侵害叶片和茎秆。果实发病初期出现水渍状褐色小圆点，后扩大为圆形或椭圆形凹陷斑，中央呈灰白色或淡黄色，边缘深褐色，潮湿时病斑上产生粉红色黏质小点（孢子堆）。防治措施包括选用抗病品种，种子用52℃温水浸种30分钟消毒。田间发现病果及时摘除并带出田外销毁，减少菌源。化学防治可用25%咪鲜胺乳油1000倍液，或50%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液喷雾，注意叶片正反面及果实均匀喷布，保护未发病部位。
病毒病被称为辣椒的“癌症”，由蚜虫、粉虱传播病毒引致。典型症状为花叶、 mosaic 图案、叶片皱缩、畸形、矮化，严重时植株停止生长。由于病毒病无特效治疗药物，防控核心在于“治虫防病”。首先，彻底防治传毒媒介昆虫，使用黄板诱杀蚜虫和白粉虱，并及时喷洒吡虫啉、噻虫嗪等药剂。其次，增强植株抗性，苗期喷施氨基寡糖素、香菇多糖等诱导剂。发病初期可喷施盐酸吗啉胍+锌肥，缓解症状，促进新叶生长，但已严重畸形的植株建议拔除，以免传染健康植株。
青枯病是一种细菌性维管束病害，发病急、致死率高。白天中午叶片萎蔫下垂，早晚恢复，持续3-5天后整株枯死，叶片仍保持绿色，故称“青枯”。切开病茎，挤压有乳白色菌脓溢出。该病在高温高湿、酸性土壤中易爆发。防治上，选用抗病品种，调节土壤pH值，可撒施石灰调节酸碱度。发病初期，用20%噻菌铜悬浮剂500倍液，或3%中生菌素可湿性粉剂800倍液灌根，每株灌药液200-300毫升，每隔7天一次，连续2-3次。对于病穴周围土壤，可用高浓度药剂消毒，防止扩散。
