枯萎病是西瓜最严重的土传病害，俗称“死藤病”。发病初期，植株基部叶片白天萎蔫、夜间恢复，数日后整株枯死，切开茎基部可见维管束变褐。该病菌在土壤中存活多年，唯一有效的预防手段是轮作和非嫁接栽培。若必须连作，务必采用抗病砧木（如南瓜砧）进行嫁接育苗。种子处理上，可用55℃温水浸种30分钟，或用恶霉灵溶液浸泡消毒。一旦田间发现病株，应立即拔除并撒生石灰消毒病穴，周围健康植株可灌根治疗，使用甲霜·恶霉灵或枯草芽孢杆菌悬浮液，每隔7天一次，连续2-3次。
疫病主要危害茎叶和果实，发病部位呈水渍状暗绿色斑，迅速腐烂并长出稀疏白霉，潮湿环境下蔓延极快。防治疫病需严格控制田间湿度，避免大水漫灌，发病初期喷洒烯酰吗啉或霜脲·锰锌。炭疽病则多在高温高湿季节发生，叶片出现圆形褐色病斑，果实上产生同心轮纹状凹陷斑。针对炭疽病，可在发病初期喷施苯醚甲环唑或咪鲜胺，注意轮换使用不同作用机理的药剂，防止病原菌产生抗药性。两种病害均需及时清除病叶病果，带出田外集中销毁，切断传染源。
单一的化学防治难以应对福建复杂的病虫害压力，农户应建立综合植保体系。首先是选用脱毒良种和无病壮苗；其次是加强田间卫生管理，雨后及时排水，保持通风透光；第三是推广物理防治，如使用防虫网阻隔蚜虫、粉虱等传毒介体昆虫；最后，在作物生长关键期（如伸蔓期、座果期）提前喷施免疫诱抗剂，增强植株自身抵抗力。通过农业、物理、生物措施与科学化学用药相结合，形成全方位的保护屏障，最大限度减少病害损失。
