辣椒疫病俗称“死棵”，发病急、危害大。初期茎基部或叶片出现水渍状暗绿色病斑，迅速扩展环绕茎秆，导致上部枝叶萎蔫枯死，湿度大时病部生白色霉层。防治上，严禁大水漫灌，实行轮作倒茬。发病初期可用58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂或64%恶霜·锰锌WP喷雾，重点喷淋茎基部。炭疽病主要危害果实，初生暗绿色水渍状斑，后变褐色，中央生同心轮纹状排列的小黑点。防治关键在于清洁田园，及时清除病果。药剂可选用25%咪鲜胺乳油或80%炭疽福美可湿性粉剂，每隔7-10天喷一次，连续2-3次，注意保护叶片和果实。
辣椒病毒病由蚜虫、粉虱等传播，表现为花叶、蕨叶、矮化等症状，严重减产。预防重于治疗，首先需选用抗病毒品种，并严格种子消毒，用10%磷酸三钠溶液浸泡20分钟。田间严禁吸烟，防止人为接触传播。重点做好蚜虫、粉虱的防治，悬挂银灰色地膜驱蚜，或使用吡虫啉、啶虫脒等药剂防治传毒昆虫。一旦发病，早期可喷施宁南霉素或香菇多糖类生物制剂缓解症状，后期病情严重者建议拔除销毁，避免传染健康植株。
青枯病是一种细菌性病害，典型症状是白天萎蔫、傍晚恢复，几天后整株枯死，但叶片仍保持绿色。切开茎部可见维管束变褐，挤压有乳白色菌脓溢出。该病目前无特效药，重在预防。实行与非茄科作物3年以上轮作，选用抗病品种。定植时用木霉菌或农用链霉素灌根预防。发现病株立即拔除，并在病穴撒生石灰消毒，周围植株用春雷霉素或噻唑锌灌根保护。同时，改善排水条件，降低土壤湿度，避免偏施氮肥，增施磷钾肥和有机肥，增强植株抗病能力，构建健康的辣椒生产生态系统。
