湖南水稻病害的发生与气候条件密切相关，全年大致分为苗期病害、分蘖期病害和孕穗抽穗期病害三个阶段。近年来随着品种更换和栽培方式改变，部分病害发生规律有所变化，准确识别是防治的第一步。
稻瘟病是湖南水稻生产中危害最严重的病害之一，分为叶瘟、穗颈瘟和节瘟三种类型。叶瘟多在分蘖末期至拔节期发生，叶片上出现纺锤形或菱形病斑，边缘褐色中央灰白色，病斑上有黄色晕圈。穗颈瘟发生在抽穗扬花期，穗颈部变褐枯死，造成白穗，损失率可达30%以上。防治关键是抓好破口前5到7天的第一次用药，亩用20%三环唑可湿性粉剂75克或2%春雷霉素水剂200毫升，兑水40公斤均匀喷雾。连续阴雨天气间隔5到7天再喷第二次，重点保护穗颈部。
纹枯病又称云纹病，是湖南双季稻区大面积流行的真菌性病害。早稻分蘖盛期至晚稻孕穗期发病最重，初生在叶鞘上产生水渍状小斑点，逐渐扩大呈云纹状病斑，严重时菌丝体侵入稻穗导致空秕粒增加。田间湿度的控制是关键，移栽后保持水层3厘米促进分蘖，够苗后及时晒田7到10天降低田间湿度。发病初期亩用10%井冈霉素水剂150毫升或30%苯甲·丙环唑乳油30毫升兑水喷雾，重点喷施株丛中下部。
白叶枯病由细菌引起，高温高湿年份暴发严重。病斑从叶尖或叶缘开始，初期呈暗绿色水渍状条纹，后转为黄褐色或灰白色，病健交界处有明显黄色晕圈，湿度大时病部溢出菌脓。防治上可选用46%氢氧化铜可湿性粉剂1000倍液或20%噻菌铜悬浮剂500倍液，在发病初期亩用对水40公斤喷洒，7到10天一次连喷两次。抗病品种如岳优9118、湘早籼45号等可减少30%以上的发病面积。
稻曲病主要危害穗部，抽穗后穗轴和小穗上部出现青绿色粉状物，成熟后变为黑褐色球状菌核，严重影响米质。预防比治疗更重要，破口前7到10天亩用20%井岗·戊唑醇可湿性粉剂40克或43%戊唑醇悬浮剂30毫升预防一次，抽穗扬花期遇雨需在雨后及时补喷。人工摘除可见的病粒可降低菌源量，但大面积作业时难度较大，应以化学防控为主。湖南各地植保站发布的病害预测预报是用药时机的重要参考。
