炭疽病是内蒙古辣椒产区最常见的病害之一，多在果实成熟期或高温高湿环境下爆发。发病初期，叶片上出现水渍状小斑点，随后扩展为圆形或不规则形褐斑，边缘有黄色晕圈。果实受害时，病斑呈凹陷状，表面产生红色粘稠小点，严重时导致果实腐烂脱落。防治方面，首先需清除田间病残体，减少菌源。发病初期可选用25%咪鲜胺乳油1000倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液喷雾，每隔7-10天喷一次，连续2-3次。注意交替用药，避免产生抗药性。此外，加强通风透光，降低田间湿度，是预防炭疽病的有效农业措施。
疫病俗称“死棵”，危害极大，尤其在地势低洼、排水不良的地块易发。该病可侵害茎、叶、果。茎基部受害呈现水渍状暗褐色病斑，绕茎一周后导致植株枯萎死亡，故称“死棵”。叶片染病产生暗绿色水渍状大病斑，潮湿时边缘不明显，干燥时易破裂。防治疫病关键在于排水降湿。播种前可用咯菌腈种衣剂拌种。发病初期立即拔除病株并带出田外销毁，病穴撒生石灰消毒。药剂防治可选用72.2%霜霉威盐酸盐800倍液或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液灌根或喷雾，重点喷洒茎基部和叶片背面，确保药液渗入组织内部。
病毒病主要由蚜虫、烟粉虱传播，表现为花叶、蕨叶、矮化等症状。患病植株节间缩短，叶片皱缩不平，果实变小且畸形，严重影响产量和商品性。内蒙古春季干旱多风，蚜虫活动频繁，是病毒病高发诱因。防治病毒病必须坚持“治虫防病”策略。一是及时防治蚜虫和粉虱，可使用10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液喷雾。二是选用抗病品种，如“内椒5号”等。三是增强植株抗性，苗期和定植后喷施氨基寡糖素或香菇多糖等诱导剂，提高作物免疫力。一旦田间出现病株，应立即拔除，并对周围植株喷洒锌肥和抗病毒药剂进行控制。
