辣椒疫病被称为辣椒的“癌症”，发病急、蔓延快，辽宁高温高湿季节易爆发。病株叶片出现暗绿色水渍状病斑，迅速扩展致叶片枯萎脱落；茎基部染病呈水渍状缢缩，导致整株倒伏死亡；果实染病初生水渍状斑点，后扩大呈褐色软腐，表面生出白色霉层。防治疫病重在预防，与非茄科作物轮作3年以上，施用石灰调节土壤酸碱度。发病初期立即拔除病株并带出田外销毁，同时喷洒72%霜脲·锰锌WP 600倍液，或68%精甲霜灵·锰锌WG 800倍液，重点喷淋茎基部和果实。每隔5-7天喷一次，连续2-3次，严禁大水漫灌，降低田间湿度。
病毒病是辽宁辣椒常见的系统性病害，主要由蚜虫、粉虱传播，或因农事操作接触传播。典型症状包括花叶、蕨叶、皱缩、矮化，果实变小畸形，色泽不均。识别时要仔细观察叶片是否出现深浅绿相间的斑驳，植株是否明显矮小。预防病毒病需从治虫入手，彻底消灭蚜虫、粉虱等传毒介体，悬挂银灰色地膜驱避蚜虫。发现病株立即拔除，并在伤口处涂抹病毒必克等抑制剂。发病初期喷施20%盐酸吗啉胍WP 800倍液，或氨基寡糖素水剂，配合锌肥喷施，增强植株免疫力，缓解症状，控制扩散。
青枯病是一种细菌性维管束病害，辽宁夏季高温多雨时高发。初期植株白天萎蔫，夜间恢复，几天后整株枯死，但叶片仍保持绿色。切开茎部可见维管束变褐色，挤压有乳白色菌脓溢出。由于目前尚无特效治疗药剂，防治青枯病必须以农业措施为主。选择地势高燥、排水良好的地块种植，实行与非十字花科、非茄科作物轮作。定植时可用枯草芽孢杆菌或铜制剂灌根预防。田间发现零星病株立即连根拔除，并在病穴撒生石灰消毒。加强田间管理，避免偏施氮肥，增施磷钾肥，提高植株抗病力，从源头上遏制青枯病的发生。
