腐烂病是江西苹果树的头号杀手，主要危害枝干。春季发现树皮失水、变褐、下陷，指压有裂纹，流出黄褐色泡沫状汁液，即为典型症状。防治上，春季萌芽前全园喷洒3-5波美度石硫合剂进行清园。发现病斑后，及时刮除病变组织，边缘削成平滑斜口，涂抹40%福美胂可湿性粉剂50倍液或专用树干涂白剂。日常管理中，避免冬季冻害和夏季日灼，增强树势，提高抗病力。
轮纹病主要危害果实和枝条，果实发病初期出现褐色小点，后扩大为同心轮纹状病斑；炭疽病则导致果实软腐，产生橙红色孢子堆。两者在高温高湿季节易爆发。防治关键在于雨后及时清园，清除病果病叶。生长季喷药保护，谢花后7-10天开始喷施第一次杀菌剂，选用80%代森锰锌可湿性粉剂800倍液，后续交替使用苯醚甲环唑、咪鲜胺等药剂，每隔15天一次，连续3-4次。注意药液要均匀覆盖叶片背面和果实表面。
除了化学防治，农业措施同样重要。加强果园通风透光，合理修剪，降低园内湿度。雨季来临前疏通沟渠，排除积水，防止根部缺氧引发根系腐烂，进而削弱树势诱发枝干病害。增施磷钾肥和微生物菌肥，少施氮肥，增强细胞壁厚度。结合物理防治，悬挂诱虫灯和粘虫板，减少害虫传播病菌的机会。通过构建健康的果园生态系统，从根本上降低病害发生率。
