辣椒疫病是河南产区毁灭性最强的病害，素有“死株病”之称。该病可由根腐、茎腐到叶腐、果腐，全株受害。发病初期，茎基部或分枝处出现水浸状暗绿色斑，病部缢缩，上部叶片萎蔫下垂，不久整株枯死，但叶片仍保持绿色，故称“青枯”。果实受害多在蒂部产生水浸状斑点，迅速扩展至整个果实，表面生白色霉层。防治关键在于预防，雨季来临前务必疏通沟渠，降低地下水位。发病初期立即拔除病株，并在病穴撒生石灰消毒。周围植株喷施72%霜脲·锰锌可湿性粉剂600倍液或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，每隔7天一次，连喷2至3次，重点喷淋茎基部。
炭疽病主要在辣椒果实成熟期或采收期爆发，对产量和商品性影响较大。初期果实上出现水浸状褐色小斑点，后扩大为圆形或不规则形凹陷斑，表面产生橙红色粘稠小点（分生孢子盘），排列成同心轮纹状。高温高湿、风雨多发季节易流行。预防上应避免偏施氮肥，增施磷钾肥增强抗病力。发现病果立即摘除并带出田外深埋或烧毁，减少菌源。发病初期喷施25%咪鲜胺乳油1000倍液或80%代森锰锌可湿性粉剂600倍液。采果前15天停止用药，确保食品安全。
辣椒病毒病俗称“花叶病”或“小叶病”，由蚜虫、烟粉虱传播病毒引起。典型症状为叶片出现黄绿相间的花叶，叶面凹凸不平，皱缩畸形，植株明显矮化，节间缩短，果实变小且着色不良。一旦感染，无特效药可治愈，只能预防和控制扩散。首先必须彻底消灭传毒媒介——蚜虫和烟粉虱，使用黄色粘虫板和吡虫啉等药剂防治。发病初期喷施20%盐酸吗啉胍可湿性粉剂500倍液或1.5%植病灵乳剂1000倍液，每隔10天喷一次，连喷2至3次，可抑制病毒复制，缓解症状。同时加强田间卫生，清除杂草，切断病毒越冬场所。
