晚疫病是河南番茄生产中最具破坏性的病害之一，主要在低温高湿条件下爆发。叶片受害初现暗绿色水渍状斑点，随后扩大呈褐色不规则病斑，边缘有淡黄色晕圈，潮湿时病健交界处产生白色霉层。果实染病多在青果期，病斑呈油浸状暗褐色，质地坚硬，表面生白霉。防治上，应选用抗病品种，实行与非茄科作物轮作。发病前可喷施代森锰锌或百菌清进行保护，发病初期立即选用烯酰吗啉、霜脲氰或氟噻唑吡乙酮等药剂喷雾，每隔7天喷一次，连续2-3次。注意喷洒要均匀，重点喷施叶片背面。
灰霉病主要危害花、果实和叶片，尤其在连阴天或大棚湿度大时高发。花朵受害后变褐腐烂，并长出灰色霉层；果实染病从蒂部开始，呈水浸状灰褐色软腐，表面密生灰色霉层；叶片病斑呈V字形向内扩展，边缘褐色，中央灰白色。防治关键在于降低棚内湿度，合理密植，及时清除病残体。预防阶段可悬挂硫磺熏烟器或释放熊蜂授粉兼防灰霉。治疗时可选用腐霉利、异菌脲或嘧霉胺，采用烟雾剂或粉尘剂施药，避免增加棚内湿度，每7-10天用药一次，交替使用不同作用机制的药剂。
番茄病毒病分为花叶病毒、蕨叶病毒和条斑病毒等，由蚜虫、粉虱传播或接触传染。典型症状包括叶片黄绿相间花叶、皱缩、卷曲、植株矮化、果实着色不均或产生褐斑。一旦感染很难治愈，重在预防。首先要彻底铲除田间及周边杂草，减少病毒源。其次要大力防治传毒昆虫，如蚜虫和烟粉虱，可使用吡虫啉、噻虫嗪等药剂进行喷雾防控。苗期可喷施香菇多糖、氨基寡糖素等诱导剂增强植株抗性。发现病株立即拔除并带出田外销毁，防止扩散。
脐腐病并非病菌引起，而是由于缺钙导致的生理性病害。表现为果实顶部（脐部）出现水渍状斑，后变为暗褐色或黑色凹陷斑，病部干燥收缩。河南地区若遇干旱或大水漫灌，影响根系对钙的吸收，极易诱发此病。防治措施包括：增施有机肥，改良土壤结构；基肥中适量补充硝酸钙或过磷酸钙；生长期叶面喷施0.3%氯化钙或螯合钙溶液，每隔10-15天一次，连喷2-3次；保持土壤水分均衡，避免剧烈干湿变化，可通过滴灌或小水勤浇来调节湿度。
根结线虫危害根部，形成大小不一的瘤状根结，阻碍水分和养分吸收，导致植株萎蔫、黄化。挖开根部可见白色或黄色线虫雌雄成虫。防治上，可采用高温闷棚杀灭土壤中虫卵，或在定植前每亩施用阿维菌素颗粒剂或噻唑膦颗粒剂进行沟施或穴施。生物防治方面，可施用淡紫拟青霉或木霉菌制剂，抑制线虫繁殖。田间发现病株应及时移除，并对周围土壤进行药剂处理，防止蔓延。
