北京肉牛养殖常受到口蹄疫、牛病毒性腹泻（BVD）、牛结核病、牛传染性胸膜肺炎、肠毒血症等疫病威胁。其中口蹄疫发病率高、传播快，一旦发生会造成严重经济损失；BVD可导致母牛流产、犊牛免疫抑制；肠毒血症多与饲料突变、精料过多有关。养殖户需根据季节和牛群状态，提前做好重点疫病监测。
口蹄疫：每年春秋两季各免疫一次，使用O型、A型二价灭活疫苗，犊牛首免日龄60～90天，一月后加强免疫一次。BVD：建议使用弱毒疫苗或灭活疫苗，后备牛配种前免疫一次，经产母牛产后20天免疫，每年一次。疫苗需冷链保存，注射前回温至常温，确保每头牛有效接种。
保持牛舍干燥通风，北京冬季寒冷需注意防寒保暖，夏季防暑降温。每周至少消毒1次，发病期间每天消毒。推荐使用次氯酸钠、过氧乙酸或复合酚类消毒剂，轮换使用以避免耐药性。粪便采用堆积发酵处理，病死牛须无害化处理（焚烧或深埋）。
每日早晚观察牛只食欲、精神、粪便、体温。发现流涎、跛行、水疱、腹泻等症状立即隔离。对口蹄疫可疑病牛，先上报当地动物疫病控制中心，禁止移动牛群。肠毒血症病例常因突然死亡被发现，预防关键在于避免短时间内大量饲喂精料，定期添加益生菌或中药预防。
北京地价高、养殖密度大，建议采用“自繁自养、全进全出”模式减少外界病原引入。定期开展抗体检测，根据结果调整免疫方案。与区县兽医站保持联系，获取本地疫病流行信息，提前做好针对性防疫。特别是夏季蚊虫多时，需预防牛结节性皮肤病，做好驱虫和灭蚊工作。