绿霉病是香菇菌棒贮藏期和发菌期的头号病害。患病初期在菌棒表面出现白色绒毛状菌丝，很快转变为绿色至深绿色粉末状孢子，严重时菌棒内部组织被分解，失去生产价值。预防措施：培养料需彻底灭菌，接种环境用高锰酸钾溶液熏蒸消毒。一旦发现受感染的菌棒，应立即隔离并集中销毁，防止孢子扩散。同时降低培养室温度至18摄氏度以下，加大通风以抑制霉菌生长。
链孢霉喜高温高湿，北京夏秋季节多发。其典型症状是在菌棒上形成橘红色或粉红色的霉层，孢子囊大量产生。链孢霉传播快，主要通过空气和昆虫传播。防治方法：接种前使用二氯异氰尿酸钠对培养室喷雾，每立方米用药5克。培养料含水量严格控制在60%至65%，避免过湿。出菇期间保持大棚通风，湿度不长时间超过90%。已发病的菌棒可喷洒0.1%的多菌灵溶液，但需注意休药期。
细菌性褐斑病主要危害菇体，发病初期在菌盖上出现淡黄色水渍状斑点，后扩大为褐色凹陷斑块，严重影响商品外观。此病由假单胞杆菌引起，在湿度过大、通风不良时容易爆发。治疗手段：减少喷水次数，改为地面洒水增湿；及时摘除病菇并带出大棚深埋，随后用漂白粉溶液对周边环境消毒。在发病初期可喷洒氯霉素或链霉素溶液，但采摘前10天以上必须停止使用。
京郊种植户应建立严格的消毒制度：每批香菇结束后，用石灰水刷洗棚壁和地面，再密闭熏蒸48小时。选择抗病性强的菌种（如L808、武香1号），并确保菌种来源正规。平时加强巡查，发现异常及时处理，做到“早发现、早隔离、早治疗”。通过科学管理，可将病害损失控制在5%以下。