一、立枯病
苗期主要病害，发病时幼苗茎基部出现褐色凹陷病斑，逐渐缢缩腐烂，幼苗枯死。北京地区春季低温、高湿易发。防治方法：选用无病种子，播种前用多菌灵或五氯硝基苯拌种；发病初期用恶霉灵3000倍液灌根；加强苗期中耕，降低田间湿度。
二、黄萎病
现蕾至花铃期多发，叶片叶脉间出现黄色斑块，逐渐变褐枯死，严重时整株萎蔫。病原菌在土壤中存活多年。北京地区7-8月雨水多时易流行。防治：种植抗病品种如中棉所96；实行轮作倒茬，与禾本科作物轮作3年以上；发现病株及时拔除并带出田外烧毁；发病初期用枯草芽孢杆菌喷雾或灌根。
三、枯萎病
症状与黄萎病相似，但枯萎病维管束变成褐色，叶片萎蔫枯死更快。防治措施同黄萎病，此外可在播种前用棉隆进行土壤熏蒸消毒，每亩用量20-30公斤。发病重地块改种抗病品种，并增施有机肥和钾肥，提高抗病性。
四、红腐病
主要为害棉铃，初期呈水渍状病斑，后变红色霉层。北京地区9月多雨时发生较重。防治：及时采摘吐絮棉铃，避免淋雨；发病初期用多菌灵或百菌清喷雾，重点喷到植株中下部棉铃；改善田间通风透光，打老叶、去空枝。
五、综合防治建议
坚持预防为主，采用农业防治、生物防治和化学防治相结合。播种前深耕晒垡，减少越冬菌源。合理施肥，控制氮肥用量，增施磷钾肥。发现中心病株立即拔除，并在病穴撒石灰消毒。化学防治选用低毒高效药剂，注意轮换使用，避免抗药性。