根腐病是北京大豆苗期至开花期的主要病害。症状：幼苗茎基部出现褐色凹陷病斑，根系腐烂，叶片发黄萎缩。严重时导致缺苗断垄。病原菌为镰刀菌和疫霉菌。防治方法：①选用抗病品种如中黄37。②播前用咯菌腈+精甲霜灵种衣剂包衣，用量为种子重量的0.3%。③发病初期用30%甲霜·噁霉灵水剂800倍液灌根，每株200毫升，间隔7天，连续2次。注意排水，避免田间积水。
锈病多发生在7-8月高温多雨期。症状：叶片背面出现黄褐色夏孢子堆，严重时叶片早枯。北京2026年最新预报显示，湿度超过85%时易爆发。防治：发病初期选用43%戊唑醇悬浮剂3000倍液或25%吡唑醚菌酯乳油1500倍液喷雾，喷匀叶背。每隔10天喷一次，连喷2-3次。同时加强通风透光，增施磷钾肥。
病毒病主要通过蚜虫传播。症状：叶片皱缩、花叶、植株矮化。北京地区6-7月蚜虫发生高峰期需重点防范。防治：①使用10%吡虫啉可湿性粉剂2000倍液防治蚜虫。②发病初期喷施0.5%氨基寡糖素水剂600倍液，增强植株抗性。③及时拔除病株，减少毒源。种子带毒率高的地区可选用脱毒种子。
炭疽病危害茎荚和籽粒。症状：茎秆和豆荚出现黑色轮纹状病斑，后期产生粉红色孢子团。防治：①收获后彻底清除病残体。②发病初期用70%代森联水分散粒剂600倍液或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液喷雾，重点喷洒下部荚果。③轮作倒茬，与非豆科作物间隔2年以上。