疫病是天津辣椒最严重病害之一，全生育期均可发病。症状：苗期根茎部水渍状软腐，成株期叶片出现暗绿色水渍状斑，果实受害形成软腐，表面产生白色霉层。防治方法：实行3年以上轮作，高畦栽培，避免大水漫灌。发病初期用72%霜霉威水剂800倍液或58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液喷雾，每7-10天一次，连喷2-3次。
炭疽病主要危害果实和叶片。叶片上出现褐色圆形病斑，中央灰白；果实上形成凹陷的黑色斑块，潮湿时产生橘红色黏质孢子堆。防治要点：选用无病种子，用55℃温水浸种15分钟消毒。发病初期用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液或50%咪鲜胺锰盐可湿性粉剂2000倍液喷雾，重点喷施果实。
病毒病由蚜虫、白粉虱等传播，症状为叶片花叶、皱缩、黄化，植株矮化，果实变小畸形。防治关键在于防虫：覆盖银灰色地膜驱避蚜虫，安装防虫网。药剂防治：发病初期用20%吗胍·乙酸铜可湿性粉剂500倍液或8%宁南霉素水剂800倍液喷雾，同时喷施吡虫啉防治蚜虫。
疮痂病危害叶片、茎蔓和果实。叶片上出现圆形或近圆形褐色病斑，边缘隆起呈疮痂状；果实上病斑坚硬，呈木栓化。防治方法：避免田间湿度过大，及时清除病残体。发病初期用77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液或72%农用链霉素4000倍液喷雾，连喷2次。
灰霉病在保护地内常见，主要危害花器和果实。症状：先侵染花瓣，后扩展至果实，病部灰褐色，表面密生灰色霉层。防治措施：加强通风降湿，及时清除萎花和病果。药剂防治：用50%腐霉利可湿性粉剂1500倍液或50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液喷雾，注意轮换用药，每7天一次。