灰霉病多发生在低温高湿环境，主要侵害花器和果实。发病初期，花瓣呈水渍状腐烂，随后蔓延至果皮，形成褐色软腐斑，表面生出灰色霉层。防治上，首要任务是降低湿度，避免浇水过多，采用膜下滴灌。发病初期可喷洒腐霉利或异菌脲，重点喷花和幼果。晚疫病则是毁灭性病害，叶片出现暗绿色水浸状斑点，边缘不明显，湿度大时叶背产生白色霉层，果实病斑呈褐绿色硬固。预防晚疫病需注重通风降湿，发现病叶立即摘除销毁。药剂可选用烯酰吗啉或霜脲氰·锰锌，交替使用以防抗药性。尤其在雨季或连阴天前后，务必提前喷药保护。
叶霉病主要危害叶片，正面出现不规则黄斑，背面对应部位长出灰紫色绒毛状霉层，严重时叶片卷曲干枯。该病在高湿、通风不良条件下易爆发。防治关键在于改善棚内小气候，加强通风排湿。发病初期可用苯醚甲环唑或嘧菌酯喷雾，也可使用百菌清烟剂熏棚，效果显著且无药害。病毒病被称为番茄“癌症”，由蚜虫、粉虱传播，表现为花叶、蕨叶、束顶等症状。一旦感染，难以治愈，必须预防为主。措施包括：清除田边杂草，减少毒源；防虫网阻隔害虫；发现病株立即拔除并带出田外深埋，同时用杀毒矾喷雾消毒工具和环境。苗期喷施氨基寡糖素或盐酸吗啉胍，诱导植株产生抗性，有效遏制病毒病蔓延。
单一药剂防治往往难以持久，构建综合防控体系至关重要。首先，选用抗病品种是根本。其次，实行轮作倒茬，与水旱作物轮作可有效减少土传病害。再次，加强田间卫生，及时清理病残体，减少初侵染源。最后，推广生物防治技术，如释放捕食螨防治红蜘蛛，利用苦参碱等植物源农药防治害虫，减少化学农药残留。通过“预防为主，综合防治”的策略，结合精准的气象预警和病虫害监测，农户可以最大程度降低病害损失，确保内蒙古番茄产业的健康可持续发展。
