霜霉病是内蒙古黄瓜最常见的真菌性病害，主要在叶片上发生。初期叶片正面出现水浸状浅绿色小斑点，扩大后受叶脉限制呈多角形黄褐色病斑，背面潮湿时产生紫灰色霉层。高温高湿环境易爆发。防治上，首先应加强通风排湿，降低棚内湿度。发病初期可选用72.2%霜霉威盐酸盐800倍液或68%精甲霜灵·锰锌600倍液喷雾。重点喷洒叶背，间隔7-10天，连续2-3次。注意轮换用药，延缓抗药性。另外，增施磷钾肥，提高植株抗病力，避免偏施氮肥。
白粉病多见于黄瓜中后期，叶片正面或背面出现白色粉状霉斑，严重时连成片，导致叶片枯黄早衰。该病在干燥温暖条件下易流行。防治策略包括清理田间病残体，减少初侵染源。发病初期喷施40%腈菌唑乳油4000倍液或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液。生物防治也可采用哈茨木霉菌制剂。日常管理中，保持适当株行距，避免植株过密，及时摘除下部老叶，增强通风透光性。对于保护地栽培，可通过高温闷棚杀灭病原菌。
角斑病由细菌引起，症状与霜霉病相似，但病斑较小，颜色较浅，呈水渍状，后期破裂穿孔，潮湿时有乳白色菌脓溢出。该病通过风雨、农事操作传播。防治关键在于预防。选用无病种子，或用50℃温水浸种20分钟消毒。发病初期喷施20%噻菌铜悬浮剂500倍液或3%中生菌素可湿性粉剂800倍液。农事操作中尽量避免在露水未干时作业，减少人为传播。轮作倒茬，与非葫芦科作物实行3年以上轮作，可有效降低土壤中病菌基数。
黄瓜病毒病表现为花叶、皱缩、畸形等症状，主要由蚜虫、粉虱传播病毒引起。内蒙古地区春季干旱多蚜虫，需重点防控。首先，设立防虫网，悬挂黄色粘虫板诱杀蚜虫。发现病株立即拔除并带出田外销毁，防止传染。可用20%盐酸吗啉胍可湿性粉剂500倍液或香菇多糖注射液喷施，缓解症状。增强树势，合理施肥，提高植株免疫力。选用抗病品种是从源头解决问题的根本途径。同时，控制杂草，减少病毒寄主和介体昆虫栖息地。
