枯萎病是西瓜毁灭性土传病害，俗称“死秧病”。发病初期，植株下部叶片中午萎蔫，早晚恢复，数天后整株枯死，叶片仍保持绿色。剖开茎基部，可见维管束变为褐色。该病菌在土壤中存活多年，连作地块极易暴发。防治关键在于轮作，最好与非葫芦科作物轮作5年以上。定植前对土壤进行消毒，可使用棉隆或石灰氮闷棚。发现病株立即拔除，并在病穴撒生石灰或浇灌恶霉灵、甲霜灵·锰锌等药剂进行局部消毒。此外，施用微生物菌肥如枯草芽孢杆菌，可改善根际微生态，抑制病原菌繁殖，增强植株免疫力。
炭疽病主要危害叶片、茎蔓和果实。叶片受害出现圆形或近圆形褐色病斑，周围有黄色晕圈，潮湿时产生粉红色黏液。茎蔓受害出现梭形凹陷病斑。果实受害则出现圆形凹陷斑，表皮龟裂，严重影响商品价值。炭疽病通过风雨传播，高温高湿环境易爆发。预防上，应选择无病种子，播种前用55摄氏度温水浸种15分钟。田间发现病叶病果及时摘除带出田外烧毁。发病初期喷施咪鲜胺、苯醚甲环唑或吡唑醚菌酯，每隔7-10天喷一次，连续2-3次。注意交替用药，防止抗药性产生。加强通风降湿，避免大水漫灌，降低棚内湿度。
白粉病是内蒙古秋季西瓜种植中的常见问题，高温干旱多雨交替时易流行。初期叶片正面出现白色小粉斑，随后扩大融合，似撒上一层白粉，背面也有白色霉层。严重时叶片枯黄脱落，植株早衰，果实变小、味道变淡。白粉病一旦爆发，防治难度较大，因此重在预防。种植前清除田间杂草残体，减少初侵染源。发病初期可喷施硫磺悬浮剂、醚菌酯或露娜森。生物防治方面，可引入拮抗菌如哈茨木霉菌。管理中要注意合理密植，保证通风透光，避免氮肥过量导致植株徒长抗病力下降。适时浇水，保持土壤湿润但不积水，调节田间小气候，抑制白粉病菌孢子萌发。
